1984年5月，经中央政法委同意，最高人民法院和交通部批准，武汉海事法院于同年6月1日正式成立，同年10月1日正式受案，与大连、天津、青岛、上海、广州海事法院一道，成为我国首批六家海事法院。其管辖区域经过最高人民法院1987年7月、2001年9月和2016年3月和2019年四次调整，现为：上起四川省宜宾市合江门下至安徽省和江苏省交界处的长江主干线及相应的与海相通的可航长江支流水域，管辖的长江干线区域贯穿五省一直辖市（四川、湖北、江西、湖南、安徽、重庆），管辖连接长江支流与海相通的可航水域岷江、沱江、嘉陵江、乌江、湘江、汉江、赣江和洞庭湖、鄱阳湖两大湖区等，辐射长江流域经济带。武汉海事法院目前是我国十一家海事法院中唯一总部设在非沿海省份的涉外海事审判机关，在全国海事法院中独具特点。

全院设有政治部（机关党委）、纪检组监察室、办公室、研究室、审管办、立案监督庭、海事审判庭、海商审判庭、环境资源审判庭、海事行政（合议）庭、执行局（庭）、法警支队、重庆法庭、宜昌法庭、芜湖法庭15个机构。现有在职在编干警88人，现职员额法官33人，其中：一级高级法官1人，二级高级法官5人，三级高级法官12人，四级高级法官4人，一级法官9人，二级法官2人。